События Magus развиваются в забытом богами мире. Главный герой по имени Магус большую часть жизни просидел в королевской тюрьме, пока его не освободила таинственная женщина Кина. Вдвоем они отправятся в опасное путешествие, поскольку Кина верит, что Магусу уготовано стать новым божеством. В ходе своего странствия герой научится поглощать энергию особых камней трех различных цветов. Используя эту силу, он сможет метать во врагов огненные шары и воскрешать мертвых. Конечно, поначалу способности Магуса будут ограничены, и совершенствовать их придется постепенно. Игрок сможет сконцентрироваться как на развитии одной из представленных сил, так и всех трех, но универсал будет слабее мастера одной дисциплины.