Встреча в кафе - ещё не приговор.
Я старался по ходу игры балансировать всеми тремя вариантами ответов, но отдавая предпочтение на (Suave), т.к. был нацелен на этот троф. Но при встрече в кафе Марбург мне сказал что я профессионал, будто отвечал всегда (Professional).
Но от кафе до финального боя ещё довольно много миссий, так что есть время исправиться. Я стал почти на всё отвечать и к моменту финального боя с ним, я таки смог его заставить выйти на дуэль и взял этот троф

Делал этот троф сам, без гайдов. Со всеми сдружился и договорился, а троф не выпал.
Оказалось что в самом конце игры нужно дать отворот-поворот Лиланду. В начале последней миссии (Infiltrate Alpha Protocol) согласиться на союз с ним, но после финальной битвы с Уэстриджем, Лиланду уже нужно будет сказать "иди-ка ты нафиг" выбрав ответ "Betray" (предать).
Если также прошляпили как и я, то достаточно загрузить последний автосейв - он делается прям перед началом финального боя. Снова выигрываете бой, и теперь уже ПРАВИЛЬНО отвечаете Лиланду

Подсказка очень толковая, я ей и руководствовался, но есть что к ней добавить.

1. Мина. С ней нужно иметь либо сильно отрицательные отношения, либо (как ни странно) сильно положительные отношения, но ни в коем случае не средние. При негативных отношениях итак всё ясно; при положительных отношениях можно через диалог с Паркером выяснить что это Мина подставила Майка - тогда в финальном диалоге с Миной появится возможность выбора ответа "Leave her" (не спасать). При средних отношениях такого варианта ответа не будет, даже если Майк будет знать что это её рук дело.

2. Марбург. Если вы НЕ преследуете цель в одно прохождение получить этот троф и Youth Trumps Experience (Спровоцируйте Марбёрга остаться в последнем бою), то на Марбурга вообще забейте. В Риме он спокойно от меня сбежал, в финальной миссии я дрался с Паркером, а не Марбургом. В итоге в самом конце игры после победы в финальной битве, при разговоре с Лиландом пришёл Марбург, но даже тут его никто не убил. Зато после Марбурга приходит <читай следующий пункт>

3. Скарлет. Удивительно, но даже при положительных с ней отношениях она в самом конце...

Для этого трофа старайтесь прям с самого начала игры использовать вариативность, аж с самых первых диалогов.
Я три раза проходил игру, и на первых двух прохождениях я в диалогах отвечал по необходимым предпочтениям, но в долгосроке старался использовать и все остальные вариации ответов учитывая прошлые ответы прошлых диалогов, но трофей так и не выпадал.
И на третьем прохождении я просто на пофиге стал отвечать последовательно: т.е. первый ответ - , второй ответ - и третий - (любые овтеты на не использовал), аж в блокнотик записывал сколько ответов каждого типа выбирал, чтоб не сбиться)
В итоге, где-то в середине Саудовской Аравии наконец выпал троф

Возможно не самый очевидный момент (я вот случайно узнал лишь под конец игры), но один и тот же гаджет можно назначить на несколько разных слотов экипировки.
Если, например, доступно 5 слотов, то вот во все пять слотов можно назначить эти Remote Mine, и таким образом в каждом слоте будет по пять взрывчаток. Итого - за одну миссию можно взорвать 5х5=25 взрывчаток (или 5х4=20 взрывчаток, или 5х3=15 и т.д., смотря сколько слотов будете заполнять взрывчатками)