Действие игры одновременно разворачивается в недалёком будущем и в прошлом, во время Третьего крестового похода (1191 год). В будущем времени героем является Дезмонд Майлс, обычный бармен, который был похищен корпорацией «Абстерго Индастриз» для получения важной информации. Очнувшись, герой обнаруживает себя лежащим в странном устройстве в лаборатории. В курс дела его вводят двое ученых: Люси Стиллман и Уоррен Видик. Дело в том, что он является последним из древнего рода убийц, служивших в Братстве ассасинов. В частности, одним из его предков был убийца по имени Альтаир ибн Ла-Ахад, который и является героем действия в прошлом. Люси и Видик с помощью аппарата «Анимус» декодируют генетическую память Дезмонда, которая, по словам Уоррена, содержит воспоминания о действиях его предков. Молодому бармену приходится раз за разом переживать приключения своего дальнего родственника.