Действие игры разворачивается за 20 лет до событий «Halo: Combat Evolved». Кампания следует за человеческим кораблём «Дух Огня», который был послан Космическим Командованием Объединённых Наций (ККОН) расследовать и пресечь действия Ковенанта на бывшей человеческой планете Харвест (место первого контакта с инопланетянами). Узнав о загадочных раскопках ковенантов под предводительством неизвестного Арбитра, капитан корабля Джеймс Каттер посылает своих солдат разузнать что происходит. По мере продвижения сюжета, игрок перемещается по нескольким мирам и, в конце концов, натыкается на Предтеч. К сожалению, хотя у Предтечей есть свои уникальные войска (только авиация), они не являются играбельной фракцией и их можно использовать только в режиме "сражение" где они становятся доступны при захвате специальных зданий.