Миссия 4: Вам разрешено использовать РПГ, на которую вам укажут в конце миссии, чтобы уничтожить вертолёт; это не аннулирует трофей.

Трофей глючный.
Если трофей не дали по окончанию миссии, продолжайте играть дальше, после начала катсцены следующей миссии, после того как вам дали управление, выйдете в главное меню (не из игры), и нажмите продолжить в разделе Компания. После катсцены, трофей должен появится.

Скорее всего дело и правда в метательных ножах. Второй трай на эту ачивку лично я прошёл и не нажимая L1, как было в первом заходе. Ножом милишным убил лишь самого первого противника. Ачивка упала в след. катсцене с допросом Миллс.

Случайно использовал на метательные ножи и трофей не упал. Видимо, нельзя использовать.

Сначала прошел миссию только с пистолетом, но солдата, которого предполагается убить метательным ножом, я убил обычным ножом, подойдя в плотную и нажав . Трофей по итогу не выпал.
Прошел повторно никого не убивая ножами и любым другим оружием, кроме пистолета, и трофей выпал.
Как итог, нельзя пользоваться никакими ножами.