Самое важное это выполнять все поставленные задачи. В самом начале миссии зажмите сенсорную панель и посмотрите в вашем планшете какие у вас задачи, они все должны быть выполнены без провала. К примеру в миссии "Паук" есть задача "Задержать Джорджа Бриксли", это значит что если он умрет то задача провалится и в трофей прохождение миссии это вам не засчитают.

Так же рекомендую отслеживать прогресс трофея после каждой миссии.
Делал трофей вместе с другом, прошли все миссии на S ранг, вдвоем вполне реально.