Начиная новую игру предлагают в каком режиме вы хотите начать (потом выбор изменить уже нельзя будет). Для трофея надо естественно выбрать «сопротивление» К сожалению Новый игры+ тут нет, поэтому придётся проходить все с нуля.
Сам режим сопротивления это тоже самое что и классическая компания, но с кучей усложнителей. Например перманентная смерть агентов и отсутствие быстрых перемещений через станции метро.

Текстовый гайд (ru) по прохождению на «сопротивлении».

Пара советов которые облегчат прохождение:
Если понимаете что агента сейчас убьют нажимаете паузу, и выходите в главное меню.
В некоторые места легче попасть на строительном дроне, например сбор очков технологий легче всего делать перемещаясь на строительном дроне.
Если агента строителя убили, нового можно завербовать недалеко от «центр Европейской миграции» , круглый стадион снизу карты.
Много заданий которые можно выполнить используя бота паука.

когда берете очко технологий "с погоней" - тут же выходите в меню и грузите "продолжение". очко у вас, а погони не будет. это экономит просто два вагона времени.
если начался бой с огнестрелом - выходите в меню, грузите продолжение, потому что шансов вывезти немного.
в некоторых случаях, когда началась погоня, можно добраться до скрипта, затем чекпоинт сработает, и можно затем выйти в меню, загрузить продолжение и продолжить сюжет без погони. (в любом случае всегда проще грузить "продолжение" чем тратить время на погоню, которая ничего не даст).
в миссиях, где нужно обороняться - займите удобную позицию за барьером и ничего не делайте... к вам будут прилетать только дроны, которых нужно отрубать или ломать, а люди будут тупить и держать позицию (на пс4 так). а еще лучше в таких ситауциях на улице заранее вызвать строительного дрона и как начнется загрузка - просто улететь повыше и спрятаться.