Трофей может заглючить. В первом прохождении пропустил 3-4 заметки. Начал переигрывать с главы 1.3, по времени (скипая все диалоги, жаль, катсцены нельзя скипнуть) - около 5 часов. Собрал все 71 заметку. Трофей не выпал.
Пришлось ещё раз эпилог загрузить и заново получить четыре последние заметки - тогда выпал трофей.
P.S. На Реддите нашел апрельский комментарий авторов игры, что такое бывает, и рекомендацию в подобной ситуации именно перезапустить эпилог.