в конце второй миссии, когда будете устанавливать механизм на корабль, сразу после установки включайте остановку времени или телепортируйтесь в воду, так как через 2 секунды после установки устройства появятся ведьмы и вас заметят, как следствие галочки в графе "призрак" стоять не будет.

Ведьмы не появятся если отправиться в катакомбы по квесту сиделки Тримбла и там этих ведьм передушить.

UPD: Судя по последующим подсказкам ведьмы всё равно могут появиться. Возможно, что моя подсказка актуальна только для дисковой версии без патчей, сам проходил именно так.

Видео в помощь)

Чтобы нейтрализовать Далилу по стелсу надо просто заменить картину, пока она отвернулась и подождать ритуала. Если начнется бой, то призрака не получить.

Усыпил всех ведьм, всё равно они появились на корабле. Поэтому, да, лучше прыгать в воду

Не обязательно прыгать в воду. Делаем сэйв перед установкой механизма, ставим на быструю кнопку 'перенос', ставим механизм на место и тут же нажимаем куда мы предварительно поставили скилл 'перенос'. Время замедляется, смотрим наверх. Прямо над вами будет площадка с перилами, телепортируемся на перила, берем в руки арбалет с усыпляющими дротиками и помогаем выщёлкивать ведьм (уровень тревоги над их головой во время попадания не имеет значения)