С Подпрограммами тяжелее так как тут чистый рандом- наткнетесь на них или нет.Находятся они в обломках крейсеров, за закрытыми шлюзами, для открытия которых необходимы ключи доступа.
Ключи можно получить различными путями:
1)Покупка-обмен у торговцев.
2)Уничтожение элитных противников(Окар, ГЭБ, Вольница).
3)При прокачке перка "Дополнительное оборудование"- иногда в стартовый набор предлагается ключ, а то и несколько
В обломках обычно два шлюза красного цвета, но подпраграмма только в одном из них.Прежде чем передавать ключ, присмотритесь через пробоины в корпусе, есть в этом шлюзе синий столп с подпрограммой, это сэкономит ваши ключи и нервы)))
Есть еще один вариант, но работает он только если Бог рандома благоговит к вам)
ВНИМАНИЕ ВЫ НЕ ДОЛЖНЫ ВРАЖДОВАТЬ С ГЭБ ДЛЯ ЭТОЙ СХЕМЫ!!!!
Иногда в пути встречаются станции где нужно активировать энное количество генераторов, после их активации откроется ячейка модификации корабля, которая в свою очередь предложит три рандомных мода.Нам нужен мод "ДЕШИФРАТОР".Он позволяет на всю попытку отказаться от ключей доступа и открывать все и вся)
PS:Дальше мое предположение, оно не проверенное, но можно попробовать вот что.
Если на станции не окажется нужного мода-сохраняемся и выходим, заходим заново и снова активируем генераторы, и так вплоть до успешной попытки)))

Играя на харде Подпрограммы постоянно встречаются, я дойдя до 5го сектора один раз собрал сразу 3, а так стабильно одна попадалась во 2м или 3м. Главное чтоб были ключи. Плюс когда найдёте Подпрограмму "Перегрузка сенсоров" ищите в зоне "Особый контейнер" обычно там же находится очередная Подпрограмма. Всего их 16 штук.

Рекомендую начинать попытки с оборудованием включающим в себя ключ доступа, ведь подпрограммы можно найти только в обломках кораблей за красными дверями, для открытия которых и нужен ключ.