Необязательно взять все бомбы за одно прохождение, но если что-то пропустили, то должен быть отдельный сейв с пропущенной бомбой.
Текстовый гайд (en).
Есть 2 бомбы, с которыми могут возникнуть проблемы:
Z3A4 Executive Disorder. Для того, чтобы допрыгнуть до комнаты с бомбой, нужно вернуться назад и подтащить к окну кадку с цветком. Назад прыгать необязательно, можно просто сохранить игру в отдельный сейв с поднятой бомбой.
Z4A4 Power Up! Не взрывайте бочки по пути к бомбе. Их нужно поставить друг на друга с помощью лифта и оттолкать к краю лестницы, забраться на них и прыгнуть. Видеогайд (en).

Видеогайд (en). Автор показывает в коротких видео как найти бомбу на каждом из двадцати восьми (28) уровней.

Дополнение к подсказке от автора TiR :
- Бомбу на уровне Z3A4 «Приказ не указ» (Executive Disorder) можно забрать и вернутся в окно, если взять из секрета предмет «Энергетик Ядерный будильник» (замедляет время на 30 секунд) и использовать его в комбинации с «Ботинками-Двойной прыжок», что дает более чувствительный контроль для выполнения двойного прыжка. Подтягивайте цветочный горшок для разбега, включайте двойной прыжок + замедлением времени и делайте контрольное сохранения для попыток. Собирать все бомбы можно в одном файле сохранения игры.
- Бомба на уровне Z4A5 «Вот это поворот!» (Twist of Freight) появится автоматически только через пять (5) минут в центре лифта и до этого надо выживать среди двух боссов-танков.