Нужно прочесть все книги, дающие бонус. Плюс-минус все покупаются у продавца книг, кроме двух.
Book of Mysteries - выпадает только из синих/золотых Mystery Box (коробки с вопросительным знаком, открывающиеся у кузнеца) и открытия как минимум 10 коробок. Лучший способ фарма - крафтить тотем сокровищ и юзать его где-нибудь на пляже в день с максимальной удачей.
Friendship 101 - пишут что может появиться у продавца, но я сколько не мотал время, так и не получил. Альтернативный способ это выигрывать Prize Tickets на ярмарках и использовать в призовой машине в доме мэра (всего нужно 9).

И судя по всему баг с именем и получением любого предмета пофиксили, так что придется выбивать по честному.

Каталог животных - купить у Марни со второго года
Охотник за алмазами - купить у дварфа в Вулканическом подземелье за 10 алмазов
Книга тайн - в Загадочной коробе или Золотой загадочной коробке

Остальные книги можно купить у продавца книг начиная с третьего года, понадобится около 500к, или встретить в мире при совершении разных действий